萧懿平灭崔慧景之乱后，获封尚书令，又掌卫尉（禁军军司令），旁人劝他密行废立，萧懿忠于齐室，不听。

茹法珍等人忌惮萧懿的忠正和威仪，窜掇萧宝卷杀掉他，说：&ldo;萧懿想效仿隆昌故事（即萧鸾废郁林王）。

&rdo;有人得知消息后，在江边准备小船，劝说萧懿逃往弟弟萧衍处，萧懿说：&ldo;自古皆有死，哪有尚书令叛逃的！

&rdo;十月，萧宝卷派卫士于宫中赐毒药给萧懿。

他仰药之际，还念念不忘地说：&ldo;我弟弟萧衍现在襄阳，我深为朝廷忧之。

&rdo;当时齐国国内到处搜捕萧懿兄弟，九人中只有捕得萧融杀掉，其余或占据州县，或藏匿乡里，竟无人告发。

自大功臣萧懿攻灭造反的崔慧景到他自己被杀，总共不到半年。

萧衍闻兄长被杀，集诸将起兵，得甲士万余人，马千余匹，船三千艘，直发都城。

由于萧宝卷不停地诛戮功臣武将，人人自危，萧颖胄等人相继投降萧衍。

萧衍又挟持南康王萧宝融为天子（明帝第八子，时年14岁），连破竟陵，江陵，在湘中诸军相会，直压汉口，并攻克都城门户郢州。

郢州失陷后，萧宝卷一点也不慌张，驰马游玩依旧，对茹法珍说：&ldo;一定等敌军来到白门前（建康城西门），我才要和他决一死战！

&rdo;待到萧衍兵已围城，小皇帝才招集兵马固守城池，又把监狱内囚犯放出，发给兵器充当守城军士，其中不可赦免的死囚就就近在朱雀门砍头，日杀百余人（大敌当前，竟有此闲心）。

501年10月，萧宝卷派征虏将军王珍国等将精兵十万人列阵于朱雀航南，让宦官王宝孙持白虎幡督战。

萧衍将士死战，王珍国等人大败，士卒土崩，淹死于淮河的无计其数，至使萧衍兵士踩着浮尸就可以冲过河去，于是萧宝卷诸军皆溃。

萧衍长驱直入，命诸军攻建康六门。

萧宝卷派人烧毁城内营署，驱逼士民，逃入宫城内紧闭四门守城。

当时宫城内仍旧有甲士七万多人，萧宝卷又喜欢打仗，外面攻城时还不断与卫士、宫人在华光殿前演习斗战格杀，在殿中他也身着戎服，以金银为铠胄，遍插羽毛、宝石装饰，昼眠夜起，跟平常一样不慌不忙。

听见城外攻城鼓声阵阵，他就穿着大红袍登景阳楼往城外望，几乎被飞驽she中。

萧宝卷之所以心中有底，主要是因为先前的陈显达、崔景慧等人的围城攻伐都以失败告终，就觉得萧衍肯定也不会例外，必败无疑。

萧衍围城前，他也不以为意，下令有司只准备城内百日用的柴米，基本上没什么准备。

平日赏赐左右亿万计的萧宝卷这时候忽然变得十分吝啬，不肯出钱物赏赐守城军士。

茹法珍此时情急，叩头请求他出金银赏赐属下，萧宝卷回答：&ldo;贼来只是要我的个人的命吗，干吗只找我要东西。

&rdo;后堂有数百张大木片，军人想拿去加围城防，萧宝卷想留着做殿门，竟下令不与。

又催促御府赶制三百人精仗，准备萧衍退拿后庆功时给仪仗队用，并大施金银宝物雕饰仪仗铠甲，城内人闻讯后莫不愤恨，都想逃亡投降。

茹法珍、梅史儿又劝说萧宝卷说：&ldo;大臣们不尽力，所以叛军攻城不停，应该把军将都杀掉才对！

&rdo;退败守城的王珍国等人听说后害怕自己被杀，就密谋串通宫内的宦官和侍卫一起杀掉萧宝卷。

十二月，丙寅夜，萧宝卷刚刚在含德殿吹笙唱歌完毕，躺下还未入睡，一行人就冲入喊杀。

他从北门跑出想逃往后宫，发现大门已闭。

膝盖挨了一刀后，萧宝卷仆倒，躺在地上还口中大喊：&ldo;奴才要造反吗？&rdo;，随即脑袋被人砍落。

众人用浸过油的黄绢包起他的首级，派人送萧衍投降（油过的黄绢透明，以便萧衍辨认）。

萧衍进城，收斩潘妃、茹法珍、梅虫儿等41人，又以宣德太后令废萧宝卷为东昏侯。

502年，萧衍废掉齐和帝萧宝融，建立梁朝。

明末大儒王夫之在评价这段历史时，有很中肯的见解。

他认为萧齐的悖逆远过曹操、司马氏和有功于国的刘裕，东昏侯萧宝卷的残虐也非郁林王（萧昭业）和苍梧王（刘昱）可比。

&ldo;故萧衍虽篡，而罪轻于道成。

自刘宋以来，一帝殂，一嗣子立，则必有权臣不旋踵而思废之。

伺其失德，则暴扬之，以为夺之之名。