建文三年（1401年）二月，朱棣率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。

接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。

战争已经进行了两年的时间，南北交战主要在河北、山东。

燕军虽屡战屡胜，但南军兵多势盛，攻不胜攻，燕军所克城邑旋得旋失，不能巩固。

能始终据守者，不过北平、保定、永平三府而已。

正在朱棣为此而苦恼之际，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。

朱棣手下谋士也劝朱棣勿攻城邑，越过山东，以迅速行动直趋金陵，金陵势弱无备，必可成功。

于是朱棣决定跃过山东，直捣金陵。

朱棣据此决定举兵南下，直指京城。

建文四年（1402年）正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州，向南直进。

而燕军已过徐州，山东之军才南下追截。

四月，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），燕军大败。

双方相持于淝河。

在这次决战的关键时刻，建文帝受一些臣僚建议的影响，把徐辉祖所率领的军队调回南京，削弱了前线的军事力量，南军粮运又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧，仅俘获南军将领即几百人。

自此，燕军士气大振，南军益弱。

朱棣率军突破淮河防线，渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等要地，准备强渡长江。

这时，朱棣之子朱高煦引番骑赶到，燕军军势大振。

建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。

六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋金陵。

十三日进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。

燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。

历时四年的&ldo;靖难之役&rdo;以燕王朱棣的胜利而告终。

&ldo;靖难之役&rdo;历时三年，前期作战南军连连败藉。

但自济南保卫战后，南军主力屯驻德州，相机出击，以遏燕军。

德州处在运河线上，南北交通便利，燕军自河北南下，始终处在德州的监控之下。

燕军南攻时，南军或自德州横出断其归路，或袭扰其补给线，或乘虚北攻。