1569年3月，天主教军队在雅尔纳克大败新教军队，孔代阵亡。

10月，科利尼又被击败。

1570年8月，太后卡特琳签署圣日耳曼敕令，使新教徒获得礼拜自由和在几个设防安全区自派总督的权力。

第一阶段的战争以新教派的有限胜利而暂告结束。

第二阶段：1572‐1585年。

这一阶段以著名的&ldo;圣巴托罗缪之夜&rdo;开始。

1572年8月23‐24日夜间，胡格诺派的重要人物正聚集巴黎，庆祝其领袖波旁家族的亨利的婚礼。

亨利&iddot;吉斯（吉斯公爵之子）以巴黎各教堂钟声为号，率军队发动突然袭击，杀死胡格诺教徒2000多人。

由于24日正值圣巴托罗缪节，因此这一血腥的夜晚在历史上被称为&ldo;圣巴托罗缪之夜&rdo;。

这次大屠杀之后，法国再次出现分崩离析的局面。

胡格诺派首先在南部和西部组成联邦共和国，对抗中央政权。

1573年6月，查理九世签署《拉罗竭尔和约》，准许新教徒在拉罗竭尔、尼姆和蒙托邦举行教仪，给予这些城市信仰自由。

1574年5月，新教派再度起事。

朗格多克在原总督丹维尔伯爵领导下正式分裂出去。

1575年，新教派发动全面起义，胡格诺教徒全部动员起来，为圣巴托罗缪之夜的屠杀报仇雪恨。

1576年5月，亨利三世签署了博利厄敕令，谴责圣巴托罗缪之夜的大屠杀，同意为死难者昭雪，除巴黎和王室住地外，一切法国城市都有权举行新教仪式。

敕令还给予胡格诺教徒担任公职的权利，准许他们占有在政治上、军事上居于优势的8个城市，在城市里建立混合司法机构，高等法院也设立特别法庭，以保证进行公正的辩论。

博利厄敕令实际上承认了胡格诺教徒占领的地区为&ldo;国中之国&rdo;。

博利厄敕令引起天主教派的强烈不满。

1576年，吉斯在北方组织&ldo;天主教神圣同盟&rdo;，自行征税、招募军队，要求恢复王国的宗教统一，拒绝执行敕令，两派战争又起。

战争中，胡格诺派遭受重大挫折，中部的拉夏里戴和西部的布鲁日落入天主教同盟手中。

1577年9月，两派缔结《贝日拉克和约》，规定解散天主教同盟，限制博利厄敕令给予新教徒的自由和权利。

新教徒只能在每个区的一个城市和自己的安全区内举行宗教仪式，他们对安全区只有6年的支配权。

第三阶段：1585‐1598年。

从1585年开始，法国国内开始了&ldo;三亨利之战&rdo;。

各方首领分别是国王亨利三世、吉斯公爵亨利、波旁家族的亨利。

1585年，吉斯公爵亨利取得西班牙的支持，在南特重组天主教同盟，巴黎、里昂、波尔多、马赛、第戎等城市纷纷归附。

同时，法王亨利三世又撤销了两次和解的敕令。

胡格诺教徒只得在波旁家族的纳瓦尔国王亨利的旗帜下应战，并得到英国和德意志新教诸侯的支持。

1587年10月20日，新教军队在库特拉击败天主教同盟军。