义军马蹄冈之败给起义军沉重打击。

自此，起义军基本上是处于被动局面，清军尾追不舍。

起义军败多胜少。

六年二月，王廷昭为杨遇春与庆成俘获送京；三月，冉学胜在留坝击败清军将领杨奎，杀总兵、副都统以下的将士数百。

五月，徐天德被德楞泰追击，于两河口溺死。

五月，龙绍周、苟文明、王国贤、冉学胜几路起义军聚集在陕、川、楚边界。

六月，清经略、参赞在四川平利开会，决定德楞泰由西南进攻，额勒登保由东北半路拦截。

七月，冉学胜在南江被俘。

八月，清军杀龙绍周于平利。

德楞泰让士兵200人一队，穿上起义军的衣服，打着他们旗号，以投降了的起义军士兵为向导，满山遍野搜寻，乘夜袭击。

十月，起义军只有戴仕杰、樊人杰、李彬、苟文明、刘朝选、汤思蛟领导的6支队伍，每支不过千人，在四川境内活动。

川陕起义军10万，已差不多消灭完了，仅存这6支队伍，和在陕、楚活动的起义军加在一起的不过1万左右。

十一月，川东的起义军从深山老林出来寻找食物，被勒保军队杀害不少。

川北的起义军2千多人西奔开县、大宁老林。

由于坚壁清野，起义军没有粮食只好宰骡马为食。

七年正月，在开县的苟文明部为德楞泰3路追击，苟文明率部夜渡汉水进入南山，并与宋应伏合兵，败清副将韩自昌，七月苟文明在花石岩遇害。

另外五月樊人杰为德楞泰追击，溺于官渡河。

六月蒲景集起义军于鲍家山，为德楞泰所部副将色尔滚与总兵蒲尚佐所破。

五月，急不可耐的嘉庆帝切责额勒登保与另一统帅札克塔尔旷日持久，又没方略，均革职留任。

他饬令额勒登保要想办法抓住起义军首领，并悬重赏刺激将士效命。

为了邀赏，清军搜山，绝壑穷崖，无所不至。

七年十二月，川陕楚起义军领头都已经镇压，只剩下千多人。

嘉庆帝以大功戡定，大封有功将领。

额勒登保、德楞泰、勒保、明亮、赛冲阿、杨遇春都受封。

尽管还有小股起义军在湖北、陕西、四川深山老林活动，嘉庆帝还是睡不着。

崇祯十一年十月，李自成为洪成畴和陕西巡抚孙传庭所败，只剩18骑。

后来就是这18骑隐藏在商洛，过了一年就发展成浩浩荡荡的队伍，终于推翻了明朝。

这段历史嘉庆帝当然很清楚。

于是他令额勒登保务必彻底镇压。

额勒登保自屯陕西西乡，防堵川北起义军到陕西，德楞泰屯四川太平、大宁，防堵川东起义军分派人马，勒保部来往于东乡、新宁之间，防堵南往腹地的起义军。

当时宋应伏、苟朝九正集中巴山的尚存的起义军分队向四川移动。

起义军虽然人数少，但灵活机动，常引诱官军入山，然后突出击杀。

八年春，额勒登保的左翼长穆克登布就在四川南江被起义军突出格杀。